A chegada do “Ouro Verde” motivou a completa reformulação dos horários dos trens de passageiros, não apenas para acomodar a nova composição de aço, mas principalmente para incorporar as melhorias feitas na via férrea que permitiriam aumentar a velocidade dos trens e, consequentemente, reduzir os tempos de viagem.
Em outubro de 1938 foi apresentado o estudo para inclusão do “Ouro Verde”, que substituiria os carros de madeira que faziam os trens noturnos de prefixo N-5, de São Paulo à Assis, e N-6, de Assis à São Paulo. Para o prosseguimento da viagem até Presidente Epitácio, e vice-versa, havia em Assis conexão com os trens diurnos P-5 e P-6, respectivamente.
Para estes itinerários foi definida a formação das duas composições, usada ao menos até meados dos anos de 1940, com os 24 carros adquiridos, ambas com a seguinte ordem e quantidade por tipo:
1º) 1 Correio-Bagagem
2º) 4 Segunda Classe
3º) 2 Primeira Classe
4º) 1 Restaurante
5º) 3 Dormitórios
6º) 1 Dormitório-Salão
O novo horário entrou em vigor no dia 15 de novembro do mesmo ano. Percorrendo 602 km entre a capital e Assis, a viagem era feita em 15h18 no sentido interior e 15h50 no sentido contrário, representando uma redução de 2h e 2h45, respectivamente.
Em decorrência da crise provocada pela II Guerra Mundial foi necessário alterar os horários para economia de combustível (lenha e carvão) e insumos usados na manutenção dos trens. Entre junho de 1942 e julho de 1945, a viagem pelo “Ouro Verde” se tornou mais lenta com acrescimo de 56 minutos no sentido interior e 31 no sentido capital.
No decorrer dos anos de 1940 a Sorocabana construiu diversos carros de passageiros em aço, gradativamente disponibilizados ao tráfego. Assim, a formação original do trem passou por diversas mudanças, além da abertura de novos horários noturnos e itinerários com trens de aço. Ao mesmo tempo a nomenclatura “Ouro Verde” deixava de aparecer nos horários impressos.
O horário que entrou em vigor a 1º de janeiro de 1950 apresenta a circulação diária de seis trens de aço noturnos com dois novos itinerários, um até Ourinhos e outro até o fim da linha tronco, em Presidente Epitácio, além da utilização de algumas unidades em trens que atendiam ramais. Para as novas composições e para as já existentes foi determinada a seguinte formação com a mistura de carros de aço nacionais e alemães: